بنیاد علم و فناوری مصطفی(ص) با چشم‌انداز گسترش صلح، امنیت و رفاه بشریت، فعالیت خود را در سال 1391 آغاز کرده و مأموریت خود را توسعه علم و فناوری در جهان اسلام قرار داده است و برای تحقق آن، شناسایی و تجلیل از دانشمندان برجسته، زمینه‌سازی برای توسعه تعاملات پژوهشگران و افزایش همکاری و هم‌افزایی کشورهای اسلامی در حوزهای علم و فناوری را با تأکید بر فناوری‌های پیشرفته در دستور کار دارد.
در راستای تجليل از دانشمندان برجسته و زمينه‌سازي همكاري و توسعه علمي در جهان، جایزه مصطفی(ص) به عنوان یكی از نمادهای شایستگی و برتری علمی در سطح جهان شکل گرفت. این جایزه به اثری نوآورانه در مرزهای دانش تعلق می‌گیرد که توسط افرادی شاخص در حوزه‌های علم و فناوری ارائه شده و زمینه‌ساز بهبود زندگی بشريت باشد. برگزيدگان جايزه علاوه بر لوح و مدال جهاني مصطفي، با دریافت مبلغ ۵۰۰ هزار دلار که از محل خيرين و موقوفات علم و فناوري تأمین شده، طی مراسمی باشکوه با حضور دانشمندان و فرهیختگانی از کشورهای مختلف جهان، مورد تقدير قرار می‌گیرند.
بیست درصد از مبلغ جایزه مصطفی(ص) در ازای فعالیت برگزیدگان در قالب‌های زیر ارائه می‌شود:
• اعطای گرنت پژوهشی به برگزیدگان برای ارائه به پژوهشگران کشورهای اسلامی
• اعطای کمک هزینه فرصت مطالعاتی به برگزیدگان برای ارائه به پژوهشگران کشورهای اسلامی
• اعطای کمک هزینه سفر به برگزیدگان برای حضور در رویدادهای بنیاد یا رویدادهای کشورهای اسلامی
• اعطای گرنت به برگزیدگان برای انتشار مقالات مشترک با پژوهشگران کشورهای اسلامی
• اعطای کمک هزینه به برگزیدگان برای انجام پروژه‌های مشترک در کشورهای اسلامی
• اعطای کمک هزینه به برگزیدگان برای راه‌اندازی مراکز مشترک علمی در کشورهای اسلامی
• اعطای کمک هزینه به برگزیدگان برای پذیرش دانشجو در مقاطع تحصیلات تکمیلی از کشورهای اسلامی
• اعطای کمک هزینه به برگزیدگان برای عضویت و فعالیت در مجامع علمی کشورهای اسلامی
• سایر برنامه‌های پیشنهادی مورد تایید بنیاد